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TRANSFOG – Auf der Suche nach Krebsgenen

Im EU-Projekt TRANSFOG sollen neue Krebs-relevante Gene identifiziert werden, die als diagnostische Marker verwendet werden können oder Chancen für neue Krebstherapien ermöglichen. Prof. Stephan Geley vom Institut für Pathophysiologie und Prof. Reinhard Kofler vom Tiroler Krebsforschungsinstitut sind als österreichische Partner an diesem Projekt beteiligt.

TRANSFOG steht für „Translational and Functional Onco-Genomics“ und wird im 6. Rahmenprogramm der EU gefördert. 18 Partnerinstitute aus ganz Europa und Israel sind daran beteiligen. Die Gruppen arbeiten an der Identifikation neuer Tumor-assoziierter Gene, die an der Entstehung, Progression und Metastasierung von Brustdrüsen-, Lungen- und Dickdarmkarzinomen beteiligt sein könnten. Diese Gene sollen in Zelllinien, Tumorproben und Tiermodellen identifiziert werden, wobei zahlreiche Methoden, wie DNA-Microarrays, Array-CGH, epigentische-Arrays und Proteomics-Ansätze zur Anwendung kommen. In der zweiten Phase des Projektes sollen diese Gene dann funktionell charakterisiert werden. Auch hier werden Methoden verwendet die eine schnelle Analyse zahlreicher Gene erlauben, wie etwa automatisiertes Klonieren von Genen. Die Krebs-relevanten Gene werden dann in Zelllinien geregelt exprimiert und mehreren Tests unterzogen, die Aufschluss auf die mögliche Funktion dieser Gene geben könnten. Weiters sollen die in den unterschiedlichen Tumoren identifizierten Moleküle auf ihre Verwendbarkeit als diagnostische und prognostische Marker hin untersucht werden.

Neue Methoden aus Innsbruck

Die beiden an diesem Projekt beteiligten Innsbrucker Gruppen etablieren Methoden, um eine rasche Analyse von Genfunktionen zu ermöglichen. Es werden virale Expressionssysteme eingerichtet, mit denen Gene geregelt exprimiert werden können. Durch Verwendung von Rekombinationsmethoden können diese Genexpressionsysteme leicht und in großer Zahl hergestellt werden. Diese Expressionssysteme eigenen sich nicht nur um Gene in Zellen vermehrt zur Expression zu bringen, sondern können auch für die so genannte RNA-Interferenz verwendet werden. Mittels RNA-Interferenz kann man die Expression eines Genes auf ein Minimum reduzieren. Die Arbeitsgruppe von Prof. Geley hat die Lebendzellmikroskopie für einen erhöhten Durchsatz von analysierbaren Zellen optimiert, sodass jetzt in einem einzigen Experiment der Effekt von bis zu zehn Genen untersucht werden kann. Die obige Abbildung zeigt eine Zelle, in der die mitotische Spindel und die Chromosomen durch GFP-Fusionsproteine sichtbar gemacht und in lebenden Zellen beobachtet wurden. Mit diesem System sollen auch Gene analysiert werden, die in der Arbeitsgruppe von Prof. Kofler durch DNA-Mikroarray-Untersuchungen von Leukämiepatienten identifiziert wurden.